高层的决断如同按下了一个无形的加速键。

在“方舟”一期工程紧锣密鼓地推进，选址地开始平整土地、规划基建的同时，另一项同样关键的“特批”也以惊人的速度落地。

在国家生物计算平台专项领导小组的协调下，陆时羡及其核心团队获得了临时性的、高优先级的权限，可以远程访问并调用位于梁溪国家超算中心的、现役的“神威·太湖之光”超级计算机的部分计算资源，专门用于“枢纽蛋白”项目的紧急攻关。

这无疑是在“方舟”这艘定制化航母建成下水前，先为他们调拨了一艘现役的、性能强大的核动力巡洋舰，以解燃眉之急。

当赵栋带领的计算团队，首次通过加密专线连入“神威”的系统时，即使他们早有心理准备，也依然被这台国之重器所展现出的磅礴算力所震撼。

巨大的监控屏幕上，代表计算节点运行状态的灯海以令人目眩的速度闪烁，实时显示的浮点运算能力稳定在亿亿次级别。这与他们之前使用的“鸿蒙”集群相比，简直是天壤之别。

“院长，我们已经获得了‘神威’上共计512个计算组的临时独占权限，峰值性能接近1.5Exaflops！”赵栋梁的声音因激动而有些颤抖。

“这比我们之前所有的计算资源加起来，还要高出两个数量级！”

然而，震撼之后，是更为严峻的挑战。

“神威”采用的是独特的申威众核处理器架构，其编程模型、内存层次、编译器环境都与国际上主流的x86+GpU架构有着显着差异。

而陆时羡团队之前为基于x86和部分GpU开发和优化的类如如GRoAAd的并行计算程序、分子动力学模拟软件以及自定义的分析脚本，无法直接在“神威”上运行。

“这就像突然给了我们一架最先进的航天飞机，但我们手里只有开拖拉机的驾照。”计算研究组内一位年轻的计算生物博士苦笑着比喻。

面对挑战，陆时羡没有丝毫犹豫。

他立即在研究院内成立了“神威平台紧急攻关小组”，由赵栋梁负责，并专程从江南计算技术研究所请来了几位对“神威”架构有深入理解的专家进行联合攻关。

接下来的几周，计算中心的灯光几乎彻夜长明。

攻关小组面临的首要任务，是软件生态的移植与适配。

这并非简单的重新编译，而是需要对代码进行深度的重构和优化，以充分利用“神威”处理器上大量的运算核心和特定的指令集。

“我们必须把一个大任务，分解成成千上万个能在这260个核心上高效并行跑起来的小任务，”赵栋梁向团队成员解释：“这涉及到算法层面的重新设计，而不仅仅是在代码里加几条并行指令那么简单。”

他们选择了几个最核心、计算最密集的应用作为突破口：

分子动力学模拟的重构：传统的模拟软件在“神威”上效率极低。